הוספת מסננות מולקולריות בין המרווחים של זכוכית בידודית היא בשום אופן לא צעד אופציונלי, אלא קישור ליבה כדי להבטיח את הביצועים וחיי השירות שלזכוכית בידודית.

במילים פשוטות, המטרה העיקרית של הוספת נפות מולקולריות היא ל"נשימה" ו"הגנה".
לספוג לחות פנימית ולמנוע עיבוי (פונקציית ליבה)
זוהי המשימה העיקרית והישירה ביותר של מסננות מולקולריות.

מקור אדי המים: לפני אטימת זכוכית הבידוד, האוויר בתוך החלל עצמו מכיל אדי מים. למרות שסביבת הייצור תהיה מבוקרת ככל האפשר, היא לא יכולה להיות יבשה לחלוטין.
סכנת ההתעבות: כאשר טמפרטורת הסביבה משתנה, במיוחד כאשר הטמפרטורה החיצונית נמוכה מאוד, טמפרטורת פני השטח של השכבה הפנימית של זכוכית בידוד תרד. אם יש אדי מים בחלל, כאשר הטמפרטורה יורדת מתחת לנקודת הטל, אדי המים יתעבו לטיפות מים קטנות על פני השטח הפנימיים של הזכוכית, וזה מה שנהוג לכנות "עיבוי" או "ערפול".
תוצאה: ברגע שמתרחש עיבוי בפנים, זה ישפיע ברצינות על התאורה והנראות, ויגרום לזכוכית להיראות מטושטשת. חשוב מכך, זה מצביע על כך שזכוכית הבידוד נכשלה.
מסננות מולקולריות פועלות כמו "חומרי ייבוש" יעילים ביותר, סופחות בחוזקה מולקולות מים בתוך החלל ושומרות על האוויר הפנימי יבש במיוחד, ובכך מבטיחות שהעיבוי לא יתרחש בטווח טמפרטורות סביר כלשהו.
לספוג גזים מזיקים אחרים ולהגן על המבנה הפנימי
בנוסף לאוויר ולאדי מים, חלל הזכוכית המבודדת עשוי להכיל גם כמה גזי ממס אורגניים המשתחררים במהלך תהליך הריפוי של חומר האיטום (כגון עקבות חומרים נדיפים מגומי בוטיל).
ספיחה סלקטיבית של נפות מולקולריות: נפות מולקולריות- באיכות גבוהה (כגון סוג 3A) לא רק סופחות מולקולות מים אלא גם סופחות באופן סלקטיבי את הגזים האורגניים הללו.
מניעת שינויי לחץ פנימיים: במהלך חילופי היום, הלילה ועונות השנה, הלחץ והטמפרטורה החיצוניים משתנים ללא הרף, מה שגורם ליריעת הזכוכית המקורית של זכוכית בידוד להתכופף פנימה והחוצה כמו "קרום תוף" (בין אם מקושת כלפי חוץ או משוך פנימה). אם יש גזים אורגניים הניתנים להתעבות בחלל, הם יתאדו בטמפרטורות גבוהות והלחץ יגדל. הוא מתנזל בטמפרטורות נמוכות והלחץ יורד בחדות. תנודות לחץ עזות כאלה יאיץ את העייפות וההזדקנות של מערכת האיטום, ובסופו של דבר יובילו לכישלון איטום.
שמור על בהירות: ספיחת גזים אלה יכולה גם למנוע מהם להיווצר-שקשה-להסיר סרטי לכלוך על פני השטח הפנימיים של הזכוכית, ולשמור על הזכוכית נקייה ושקופה לאורך זמן.
איזון לחצים פנימיים וחיצוניים והארכת תוחלת החיים
זהו אפקט "בלתי נראה" גאוני וחשוב מאוד.
תופעת "נשימה": כאמור, זכוכית בידודית תייצר "אפקט נשימה" עקב שינויים בטמפרטורת הסביבה. כאשר הטמפרטורה עולה, שאריות הגז בחלל מתרחבות בגלל החום, והלחץ גבוה מזה שבחוץ. כאשר הטמפרטורה יורדת, הגז מתכווץ והלחץ נמוך מזה שבחוץ.
מנגנון שיווי המשקל של נפות מולקולריות:
שאיפה: כאשר הטמפרטורה החיצונית גבוהה והלחץ הפנימי גדול, המסננת המולקולרית תאיץ את ספיחה של מולקולות גז (בעיקר מולקולות מים ומולקולות אורגניות), דבר המקביל ל"צריכת" חלק מהגז, מניעת הלחץ הפנימי גבוה מדי והפחתת הלחץ של הזכוכית המתנפחת כלפי חוץ.
החזקת לחץ: כאשר הטמפרטורה החיצונית נמוכה והלחץ הפנימי קטן, המסננת המולקולרית תשחרר חלק ממולקולות הגז שנספגו בעבר, שלא קל לעיבוי (כגון חנקן וחמצן) כדי לחדש את הלחץ הפנימי ולמנוע מהזכוכית-להספג יתר על המידה פנימה בגלל לחץ שלילי מופרז.
תהליך ספיחה ופירוק דינמי זה הוא כמו "חיץ לחץ אינטליגנטי", המאזן למעשה את הפרש הלחץ בין החלק הפנימי והחיצוני של חלל הזכוכית החלולה, מפחית מאוד את הלחץ-לטווח ארוך על מערכת האיטום, ובכך מאריך באופן משמעותי את חיי השירות של הזכוכית החלולה.
